AriaMx Real-Time PCR
Polymerázová reťazová reakcia (z angl. Polymerase Chain Reaction, PCR) patrí k progresívnym molekulárno-biologickým metódam so širokým spektrom využitia v rôznych oblastiach základného i aplikovaného výskumu. Princípom štandardnej techniky PCR je selektívne namnoženie (amplifikácia) požadovaného úseku DNA (kyselina deoxyribonukleová, nositeľ genetickej informácie) v mikroskúmavke až do miliónového počtu kópií. Namnoženie DNA v PCR je cyklický proces, kde po 30 – 40 cykloch je možné dosiahnuť amplifikácie 105 – 106 (z pôvodných niekoľko desiatok či stoviek kópií DNA možno získať rádovo pikogramy až nanogramy cieľovej sekvencie DNA, čo predstavuje dostatočné množstvo pre detekciu a ďalšie analýzy).
Metóda kvantitatívnej Real-Time PCR (z angl. Real-Time Quantitative PCR, RT-qPCR) je variáciou štandardnej PCR s možnosťou stanovenia presného množstva (kvantifikácie) DNA. Do reakčnej zmesi sa pridáva špecifické fluorescenčné farbivo alebo fluórogénny sondový systém (napríklad TaqMan), ktoré fluoreskujú po naviazaní len na dvojvláknovú DNA. S každým cyklom je tak možné pozorovať nárast signálu. Čím je väčšie množstvo templátovej DNA prítomné vo vzorke, tým skôr (pri nižšom počte cyklov) signál prekračuje arbitrárne stanovenú prahovú hodnotu. Na rozdiel od klasických PCR prístrojov, si táto metodika vyžaduje špecifický termocyklér pre qPCR, ktorý je schopný merať fluorescenciu reakčnej zmesi po prebehnutí každého cyklu.
AriaMx Real-Time PCR od spoločnosti Agilent je v súčasnosti najnovšou generáciou a špičkou medzi termocyklérmi pre kvantitatívnu PCR na trhu. S cieľom zvyšovať úroveň a kvalitu molekulárno-biologického výskumu na Fakulte prírodných vied Univerzity sv. Cyrila a Metoda v Trnave bolo jeho zaobstaranie jasnou prioritou pre vedecký tím pôsobiaci na pracovisku v Špačinciach. Po nemalom úsilí je tento unikátny prístroj od júla 2020 novým prírastkom prístrojového vybavenia vo vedeckom parku FPV UCM v Trnave. AriaMx Real-Time PCR je výsledkom kombinácie nového termálneho cykléra, pokročilého optického systému so zdrojom excitácie LED a komplexného softvéru na analýzu údajov, čím predstavuje plne integrovaný systém kvantitatívnej amplifikácie, detekcie a analýzy údajov PCR. V porovnaní s inými termocyklérmi tento systém ponúka z technického hľadiska pre užívateľa niekoľko výhod – diagnostika prístroja pred spustením programu, vysoká produktivita pomocou jedinečného modulárneho a flexibilného dizajnu s dotykovou obrazovkou, detekcia signálu 96 vzoriek za 3 sekundy, softvér so širokou ponukou analýz dát s príslušnými algoritmami. (Video: https://www.agilent.com/en/video/ariamx-quick-product-demo.)
Po zaškolení vedeckého personálu a doktorandov bude prístroj AriaMx Real-Time PCR plne k dispozícii pre realizáciu výskumu a praktické aplikácie (relatívna/absolútna kvantifikácia DNA; určenie genotypu metódou alelovej diskriminácie alebo analýzou krivky topenia (z angl. High Resolution Melting, HRM), čo umožňuje detekciu takmer všetkých genetických variácií (mutácie a pod.). Prístroje tohto typu sa využívajú pri PCR diagnostike ochorenia COVID-19.
DNA polymeráza je jeden z najdôležitejších enzýmov, ktoré sú vedecky využívané pri práci s DNA, konkrétne pre jej amplifikáciu, klonovanie a sekvenáciu. Pre účely molekulárnej biológie boli izolované termostabilné DNA polymerázy, predovšetkým z bakteriálnych a archeálnych organizmov žijúcich v morských hlbinách. Tieto DNA boli pre vedecké účely ďalej modifikované mutáciami, aby bola ich aktivita zlepšená v prospech daného účelu. Doposiaľ najväčšie využite nachádzajú DNA polymerázy v tzv. polymerázovej reťazovej reakcii, vďaka ktorej môžu vedci amplifikovať z jednej molekuly templátovej DNA ľubovoľný úsek DNA.
(Zdroj: https://sk.wikipedia.org/wiki/DNA_polymer%C3%A1za)">https://sk.wikipedia.org/wiki/DNA_polymer%C3%A1za).
